PS游戏机打败了劲敌任天堂、逼走了世嘉、数码相机领先传统相机品牌、图像接收芯片独占市场、VAIO系列个人电脑热卖。但自2001全球经济衰退、网络泡沫化；至从1994年推出PS之后已有10年未再发表独创性的产品；这时候的索尼如同一头伤痕累累的“斗牛”。本身在电子领域中因为Walkman不支持MP3格式造成苹果电脑的iPod数字随身听在全球热卖，取代了Walkman原有地位；拥有自傲特丽珑（Trinitron）技术的WEGA映射管电视而错估液晶电视的发展，使得拥有液晶技术的Sharp（夏普）取得电视图像的领导地位……一连串的决策错误以及电子产品价格不断压缩等因素，使得索尼在2000年得到的空前成功，到了2002年严重受挫。而另一方面在权力斗争中，资深员工常表示“出井先生的思想太超前了，我们常常跟不上他。”并表达对于出井伸之的不满，而无实质权力的荣誉会长-大贺典雄在其影响力下，出井伸之的并购Palm、苹果公司计划一一遭到封杀。2002年，董事会所通过的人寿保险事业出售美国奇异（GE）金融的50亿美元交易上，在金融事业群的管理层次结构与员工联合抗争并得到大贺典雄的支持下，交易被草率地终止。
2003年4月，索尼公布2002年财政年度报表，公司巨额亏损的消息披露后，索尼危机开始浮现台面，引发了索尼震撼(Sony Shock)，索尼股票连续2天跌停25%，并诱发日本股市的高科技股纷纷跳水，带动日经指数大幅下跌，震撼了日本股市，高科技公司的股票纷纷遭到抛售。出井伸之遭受批判“作梦做太久”、“不务正业”声音也不断出现，从过去被评选为“最成功的CEO”沦落成“最差劲的CEO”。2003年12月，出井伸之在《非连续时代》一书中，认为网络的力量就像陨石坠落一样，恐龙因此惨遭灭绝，现在的索尼正有如此的危机存在。当月也发布了期望三年内电子部门盈余可以达到10%的“转型60”改革计划。
2005年9月22日，在霍华德·斯金格以及中鉢良治的主导下，索尼公布了代号“日本计划”（Project Nippon）的“中期企业策略（2005-2007会计年度）振兴电子事业强化集团表现”改革政策，2007年度底预定裁减日本国内4千、国外6千名员工，共将裁员1万人，产品种类也将减少20%，制造工厂拟关闭11家，从65家减少到54家，在整体的财政评估调整之后，期望在2007年度末减少2千亿日元（约17亿8千600万美元）成本，营业额约可达8兆日元。接着索尼将电子、游戏、娱乐产业被索尼列为重点产业，并首度将东亚市场放在与北美和欧洲同样重要地位，全面进军中国这个仅次于美国的全球第二大市场。并于2006年开始正式废止公司长久以来的资深退休员工转任顾问制度。直接向大多日企职位“世袭”的制度缺陷说不。除此之外，新领导层还调整了索尼电子业务负责人，以加强中长期发展策略，进一步支持核心业务，并重点加强产品开发和产品质量领域。2006年，索尼公布娱乐业务的未来发展相关的战略：重点发展四大支柱业务，即高清領域、数字影院、游戏和电子娱乐，以强化其作为一家全方位娱乐服务公司的地位。
由于一连串的大规模改革政策成功，2008年5月14日发布2007年会计年度（2007年4月－2008年3月）财报，索尼不仅摆脱过去几年的困境，并创下索尼史上最高营业额、利润。但再写下索尼史上最高营业额、利润不久后，2008全球金融危机的冲击下，索尼又遭受严重的获利衰退；除经济低迷外，最大因素莫过于与日元升值强势，拖累多数日本公司获利。2013年1月18日索尼同意以11亿美元（约85亿港元），把楼高37层的美国纽约总部，出售予由纽约房地产公司Chetrit Group为首的财团。在此情形之下，不仅索尼等陷入巨亏泥潭的日本电子企业都在“瘦身”。松下拟出售其东京总部大厦，夏普已将其在东京的大楼进行了质押。松下还将转让三洋电机数码相机业务，夏普拟出售墨西哥等地的彩电组装工厂。索尼出售美国总部大楼，也是日本电子企业“瘦身自救”的一个缩影。
“SONY”四个字母的品牌价值，近几年在电子业务上呈现弱势，依据2005年美国Interbrand公布“2005品牌价值排行”中，“SONY”价值105亿美元，比2004年的131.5亿美元衰退了14%，由20名滑落到28名。而福布斯在2005年2月28日公布的“2005全球2000大企业排行”中，索尼排名由2004年的82名滑落至第123名。虽然公司业绩下滑，但索尼过去所创造品牌魅力，仍然没有因为消费性电子业务低迷而失去消费者的青睐，在“2005亚洲1000名最佳品牌”中，连续2年蝉联第一品牌。哈里斯于2006年7月12日所发布的调查中显示，索尼第7年蝉联美国第一最佳知名品牌。此外，索尼在专业视听领域一直是全球领先地位，美国好莱坞电影的拍摄、制作、后期也离不开索尼的产品，如《阿凡达》《变形金刚》等电影的拍摄设备等等，几乎可以说在世界范围内形成一种独特的垄断。如有媒体人士称，没有索尼的世界，地球真的会停转。索尼，在某种意义上，虽受经济下滑的影响，但仍是日本企业在世界的创新代表。
2012年平井一夫上台之后，快速剥离了索尼化学等一些非核心业务，重组业务集团，并且把复兴电子业务作为主要工作。在索尼内部，他还推行了“一个索尼”的战略，让以往各自为政的部门联合起来，把优势资源用于核心产品。实际上，平井一夫一直被寄寓了扭亏的希望。2012年4月1日平井一夫出任索尼集团总裁兼CEO，开始了扭亏改革，并迅速收窄亏损额。2008财年索尼亏损989亿日元，2009、2010以及2011财年，亏损数额分别为408亿、2596亿以及4567亿日元。在刚刚结束2013财年第二季度（截至9月30日），索尼集团净亏损193亿日元。受此财报影响，索尼下调了2013财年的盈利预期，从500亿日元下调至300亿日元。
索尼的随身听曾是一种典型的“源创新”。它使得随身音乐变成现实，并使之成为了一种时髦的休闲方式；夏普1992年发明的ViewCam家用摄影机和松下电器也都曾经是流行的品位之选。但自从苹果问世之后，全球电子领域的源创新便开始远离日本企业。不仅不能做源创新者，索尼、夏普和松下甚至没能跟上苹果系列所引发的功能全面的电子产品潮流趋势。在其2012年改革方案中，索尼将数码影像、游戏、移动业务列为重点发展的核心业务。但索尼中国相关人士在接受本报记者采访时称，暂时没有听说公司有研发如i-Phone一般全能型产品的计划。对此，一位曾经的日企粉丝在《东方经济报告》杂志网页上写道：“日本(公司)似乎从未学会研发和推广好的软件产品，而这正是如今电子产业最为蒸蒸日上的业务。”他将现阶段日本电子公司在技术上的短板称为“非日本发明”综合征。苹果创始人乔布斯曾有一句名言：“你不能只问顾客要什么，然后想法子给他们做什么。等你做出来，他们已经另有新欢了。”